新型冠狀病毒,即“2019-nCoV”——艾柏森生物首次表達相關蛋白 Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome Basic Information(基本信息)
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病原分離鑒定服務 基因組測序一般先將樣本制成勻漿并進行過濾,取上清用于RNA提取;提取的RNA在進行去除DNA和核糖體RNA后,通過體外隨機引物反轉錄進行建庫;測序在二代或三代高通量測序平臺進行。測序數據經過質量控制,去除宿主基因組序列后進行拼接,此次病原學鑒定應該同時使用了二代和三代測序平臺,才能短時間內獲得病毒的全基因組序列(本過程需要2~3天)。 獲得病毒全基因組序列后,通過設計引物進行PCR反應,可以對樣本的核酸進行檢測,來確定樣本中是否含有該病毒的核酸(本過程1~2天即可)。肺泡灌洗液、咽拭子、血液等宿主來源并包含病毒的物質稱病料,病毒分離時,傳代細胞系、原代細胞是常用的分離方法,動物接種、雞胚接種必要時也可用于病毒分離。分離成功的病毒,首選細胞培養的方式進行擴增,動物、雞胚和組織也可用于病毒擴增培養,培養后的純病毒可用于鑒定、分型、感染特性和致病特性等研究(該過程時間一般較長,但由于有SARS的經驗,順利的話3~5天)。 冠狀病毒簡介 冠狀病毒全基因組通常含有7個開放閱讀框,每相鄰兩基因之間存在間隔序列,5’端為非編碼區帽子結構,3’端為多聚腺苷酸非編碼區;從5’端起約占據全基因組的三分之二的ORF1(包含ORF1a和1b)也稱為復制酶基因,負責編碼16個以上與病毒復制相關的非結構蛋白;靠近3’端的4個開放閱讀框,依次編碼S蛋白(spike protein)、E蛋白(envelope protein)、M蛋白(membrane protein)和N蛋白(nucleoprotein);S基因與M基因之間還含有一個非結構蛋白NS3。冠狀病毒通過棘突蛋白(S)受體結合區的基因重組或突變可以實現其從野生動物到人類的宿主范圍“跳躍”并導致高死亡率的疾病,如嚴重急性呼吸道綜合征(SARS)與中東呼吸系統綜合癥(MERS)。雖然SARS-CoV和MERS-CoV均來源于蝙蝠,但并不是直接感染人類,而是通過中間宿主實現其跨物種傳播。 疫情來源病毒相關信息 冠狀病毒是一類主要引起呼吸道、腸道疾病的病原體。這類病毒顆粒的表面有許多規則排列的突起,整個病毒顆粒就像一頂帝王的皇冠,因此得名“冠狀病毒”。冠狀病毒除人類以外,還可感染豬、牛、貓、犬、貂、駱駝、蝙蝠、老鼠、刺猬等多種哺乳動物以及多種鳥類。目前為止,已知的人類冠狀病毒共有六種。其中四種冠狀病毒在人群中較為常見,致病性較低,一般僅引起類似普通感冒的輕微呼吸道癥狀。另外兩種冠狀病毒——嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒和中東呼吸綜合征冠狀病毒,也就是我們簡稱的SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒,可引起嚴重的呼吸系統疾病。引起此次疫情的新型冠狀病毒不同于已發現的人類冠狀病毒,對該病毒的深入了解需要進一步科學研究。 國際病毒學分類委員會報告將冠狀病毒科分為四個屬即α、β、γ和δ屬。人冠狀病毒229E、人冠狀病毒NL63屬于α屬,人冠狀病毒OC43、人冠狀病毒HKU1、嚴重急性呼吸綜合征(SARS)屬于β屬。一般通過全基因組序列的多重比對后構建系統進化樹,可以確定分類。該新型冠狀病毒屬于哪一種,目前暫無報道。 |
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